"Czy może być wiele instancji node'ów o tych samych współrzędnych?" Dokładnie.
Gdy zaczęłam pisać funkcję tworzącą graf to okazało się, że w xmlu jest wiele node'ów o tych samych współrzędnych. Ponieważ junctions w xmlu jest tylko 20 to aby oddać w grafie faktyczne skrzyżowania dróg, musiałam zacząć samodzielnie porównywać współrzędne i sklejać node'y o tych samych współrzędnych w jeden wierzchołek.