Обычно в conf.d всё пишется (на debian).
На убунте должно быть /etc/php5/mods-available/ (на минте по крайней мере точно так).
Следовательно  нужно создать /etc/php5/mods-available/zmq.ini и /etc/php5/mods-available/zmq.ini
А затем убедиться, что на них появились ссылки в cli и fpm.