`print_r`の出力が`Array ( [0] => [1] => checked [2] => checked [3] => checked )`となっていて気付いたのですが、
array_sliceには下記のような特性があります。
> http://us3.php.net/manual/ja/function.array-slice.php
> array_slice() はデフォルトで配列の数値キーを並べなおし、 リセットすることに注意してください。

ドキュメントにキーを並べ直さない方法が書いてあるのでそちらを試してみましょう。