Так делать опасно. Если тест упадет в `_requireTarget`, исходное содержимое затрется, и все предыдущие тесты сломаются.  Что можно сделать:
1. Копировать проект в другое место перед началом тестов и все манипуляции проводить в копии.
2. Сделать мок для `require` или модуля `fs` так, чтобы всегда он возращал нужный контент. Поможет [sinon](http://sinonjs.org/) + какая-нибудь либа для подмены `require`: [SandboxedModule](https://github.com/felixge/node-sandboxed-module), [require-mocked](https://github.com/SevInf/require-mocked) 
3. Завернуть этот тест в свой `describe`, в котором в `before` выполнять запись, в `after` - восстановление исходного содержимого.