Working

Adicionei duas coisas:

1. ReaderConfig.java: método setPathToProfilePatterns que ainda não tinha;

2. NSGAII.java: reajustei os métodos para poder informar uma população inicial para o algoritmo. NSGAII.execute(SolutionSet initialPopulation, int currentEvaluations);

Desculpa a zona no diff, é que o NetBeans insiste em indentar tudo.
Se você der um diff pelo eclipse ou netbeans dá pra ver melhor.
Abraços.