убрал удаленные файлы из проекта
remove setinitmethods(don't work in azure)
Добавил выполнение sql скриптов из Seed метода(в DAL)
Удалил старый bat скрипт
Решил проблему с заполнением бд удаленной.
Чтобы все заработало - добавить в конец файла Web.config данные о подключении(в правильном формате) в конец файла конфигурации
  <connectionStrings>
    <add name="OptimalEducationDB" providerName="System.Data.SqlClient" connectionString="Data Source=tcp:<address>.database.windows.net,1433;Initial Catalog=OptimalEducationDB;persist security info=True;User Id=<login>@<address>;Password=<password>;" />
  </connectionStrings>
И выполнить 2 update-database команды как обычно
комментарий в Web.config
удалил ненужный sql скрипт
Удалил неиспользуемый проект
Merge branch 'feature/DatabaseInit' into develop
Merge branch 'release/first_work(i_hope)_version'