Archivo de algoritmo genético
Merge branch 'master' of https://github.com/bakedintime/bioalignment into staging
Merge branch 'staging' of https://github.com/bakedintime/bioalignment into staging
Seagrego la clase DNASegment para representar que el ADN se conforma de dos contigs que quieren ser alineados
No es necseario asignar placeholder para utilizar los segmentos de adn como genes
Minor fixes on logging and population init
Add recompute function to evaluate fitness with modified genes and matrix
Ya no es necesario ejecutar init_db antes de consultar la matriz en mongo, ahora lo hace automático
Obtiene el valor especifico, de la matriz, de la alineacion de dos contigs (dnasegments) para obtener su valor de fitness
Ya no es necesario ejecutar init_db antes de consultar la matriz en mongo, ahora lo hace automático
Se asume que en este punto las cadenas tienen la misma longitud
se prepara la poblacion como todas las combinaciones posibles entre los contigs en la carpeta de fasta_data
Cuando se define la población en el algoritmo genético no es necesaria la función para crear genes
La función de fitness obtiene el valor de la alineación de los contigs para ese gen especifico y lo mapea a un valor entre 1 y 0, siendo 1 una alineacion de valor 0 (ninguna modificacion se realizó)
La función de mutación modifica un gen random y le cambia las posiciones de los espacios de buffer - para obtener una nueva secuencia para alinear
Actualizar librerias
El método principal carga los contigs a evaluar a memoria y genera la descripción del algoritmo genético usada posteriormente
Se define la función para recomputar los valores de alineación de la matriz para cada combinación de los contigs