Alterado modelo do banco de dados para resolver o problema de geração do mapeamento ORM que ocorria com as chaves extrangeiras na tabela empresa.

" When you do Many-To-Many tables in MySQL Workbenck you are forced to do Identifying Relationship, which create another table and create composite keys from the parent tables. Please make sure that you name this primary keys differently or if possible remove composit keys and have it as just a Non-identifying relationship."
Fonte: http://stackoverflow.com/questions/6864755/doctrine-2-and-zend-1-11-convert-mapping-error

Feita alteração no nome do campo da tabela empresa de pessoa_id para responsaveis_id, ainda mantendo o relacionamento através da chave extrangeira evitando a adaptação manual do modelo para fazer o relacionamento.
Talvez seja necessário rever o nome do campo.