春。五河士道は初めて精霊と邂逅し、その少女を救った。それから士道の前に立て続けに現れる精霊たち。精霊との対話を目指す機関〈ラタトスク〉の協力を得て、士道は少女たちを救おうと奮闘していく。初夏。制服が夏服になってしばらく経ったある日の事。天宮市が、突如発生した巨大結界に閉じ込められた。抜け出す事はおろか、外部との連絡もままならない。精霊たちの暴走――自身の体調不良―― 結界の発生と時を同じくして、士道を次々とトラブルが襲う。[