`index.js`の`mongoose.connect(mongoUri);`はデフォルトのmongoのコネクションオブジェクトを使用するようになってるからです！
デフォルトなので呼び出し側も特に指定はせずにコネクションできます。
http://mongoosejs.com/docs/api.html#index_Mongoose-connect

別途きちんとコネクションを使いたい場合はcreateConnectionするみたいです。
http://mongoosejs.com/docs/api.html#index_Mongoose-createConnection