Criando aplicacao

Fábio, veja as alterações que fiz.
Primeiro, adicionei algumas entradas ao .gitignore
Segundo, Refatorei o arquivo bootstrap.php para usar sua classe corretamente. Incluí o $em nas variáveis do sistema.
Terceiro, Refatorei sua aplicação e deleguei a ela a responsablidade de registrar os serviços
Quarto, Refatorei sua classe ProdutoAPIController

Veja o que achou e dê um merge se gostou. Tem mais coisa pra fazer, mas vamos por partes.