buildType 毎のフォルダを削除し、 Maps の API キーは build.gradle で指定するようにしました。 次の gradle plugin で manifestPlaceholders が buildType 毎に指定できるようになるとのことなので、その際は manifestPlaceholder を使ったやり方に移行します(現状のやりかただと AS で AndroidManifest.xml を開くと赤くなるので)。