Update source directory setting

ソースディレクトリがデフォルトな感じになったのでちむケースに対応してた箇所を削除しました。

関連するドキュメントを次に記載します。

* http://gradle.monochromeroad.com/docs/userguide/java_plugin.html#N132C2
* http://gradle.monochromeroad.com/docs/userguide/groovy_plugin.html#N13FAA