名前空間同士の依存関係ではなく、srcファイル同士の依存関係を求めるようにしました。
(jsファイルで定義されている__nameとrequire先を列挙し、それをもとに依存関係ツリーを構築しています。)

動作確認用にSampleLogic.jsを、コントローラの外でrequireする例としました。