[IMO] "ファイルを転送するため（例えば`scp`、あるいはファイルシステムへの直接アクセスなど）使用できる他の方法があるかもしれませんが、それらを除き、デプロイの方法は基本的に同じです。"

ここの部分は、先に「デプロイの方法は基本的に同じです」というのを出したほうが、日本語としてわかりやすいように思います。

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...自分で持っている場合は、
デプロイの方法は基本的に同じです。
(ただし、ファイルを転送するために、`scp`やファイルシステムへ直接アクセスなど他の方法がある場合は除きます。)
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