Cделать DAO и DTO объекты для чтени и записи студентов, дисциплин и оценок.
Какие должны быть DTO:
Студент
Предмет
Оценка

Какие должны быть действия:
Прочитать всех студентов
Получить все предметы одного студента вместе с их оценками
Получить все предметы

Обновить студента, предмет, оценка
Добавить студента, предмет, оценку
Удалить студента, предмет, оценку

По шаблону проектирования DAO
http://www.oracle.com/technetwork/java/dataaccessobje..

По-русски:
http://www.dokwork.ru/2014/02/daotalk.html

Все должно быть запускабельно и работать.
Вместе с кодом Java предоставить и sql для создания и заполнения таблиц тестовыми данными.