まだ、エラーがでていたので、調整してみた。
とりあえず暫定として、h264でptsが一致するsliceFrameのデータが送られたときに、ffmpegによる変換では、warningが発生してしばらく変換が開始されません。
仕方ないので、変換開始までは、ptsに1を追加してずれたフレームとし、変換を促し
変換開始したあとは正しいpts値で動作するプログラムに変更してみました。

これで問題のある動画データがうまく変換されるようになりました。
使っていない参照を１つ落としてみた。