Θα το έκανα Optional αυτό. Δηλαδή μια μεταβλητή στο Setup define("PRICEINCVAT","FALSE"); για το αν η τιμή συμπεριλαμβάνει ΦΠΑ ή όχι και μετά μια function όπως

public function getFinalPrice($price,$priceincvat){
return ($priceincvat) ? $price : ($price * $this->vat_val) / 100) + number_format($item['price'], 2, ',', ''));
}

Να κάνει όλη την δουλειά σε αυτή την γραμμή, δηλαδή κάτι σαν

$product_node->addChild('price_with_vat',$this->getFinalPrice(number_format($item['price'], 2, ',', ''),PRICEINCVAT));


Δεν έχω τεστάρει τον παραπάνω κώδικα. Αν μπορείς δοκιμάσε το και το κάνω Merge. Στην περίπτωση του πελάτη μου, το σύστημα του είχε φτιαχτεί ( ανωμάλος βέβαια) να περιλαμβάνει στην τιμή το ΦΠΑ). Οπότε πρέπει να γινει optional.