Надо высвобождать фичи при уменьшении мастаба
//Начальная точка
map.layers[1].features.length
1757
// Увеличили мастаб
map.layers[1].features.length //увеличили мастаб
9255
// Ещё увеличи
map.layers[1].features.length
31484
// Уменьшили
map.layers[1].features.length
31484
// Количество фич осталось на том же уровне.

Можно повесить обработчик на зумэнд который будут выпинывать фичи не вошедшие в границы экрана. Как и прежде надо понять как гарантировать их повторную загрузку при перемещении вьюпорта или увеличении мастаба.