* Cine e „my”? :-) I-aș spune altfel, eventual doar _markdownSettings_.
* Un fișier .js nu are ce căuta într-un director /css/. Eventual mută-l în www/js?
* Trebuie să avem o separație foarte clară între bibliotecă și ce cod mai adăugăm noi pe lângă. În principiu, biblioteca trebuie să aibă două directoare, unul sub js/ și unul sub css/. Orice punem noi pe lângă (cum pare să fie acest fișier) trebuie să stea în afara directoarelor și un nume care să indice că e scris de noi, cum ar fi www/js/markitup.varena.js sau markitup.custom.js. Și, evident, niciodată nu modificăm direct fișierele de bibliotecă (bănuiesc că n-ai făcut asta). Altfel ne va fi imposibil să facem upgrade la versiunile următoare.