// Me traigo la variable
// Mirar en $form_state si esta marcado el check. Si lo está añado al array, sino tengo que quitar eltipo de contendio del array .
// Meto el resultado en la variable.
 Ejemplo:
$settings = variable_get('node_train_list_form_node_type_form_submit');
if(En $form_state esta marcado) {
 $settings['$form_state['']'] = $form_state['']; 
}
else {
unset($settings[$form_state['']]);
}

variable_set('jdksjdksjdkjkds', $settings);