メンテナンスすることは、～を管理することが必要です、は主語と述語があっていないと思います。
「メンテナンスするには、～が必要です。」

tools encourage xxxx なので、これらのツールを使うことで xxxx が促進される、といった意味だと思います。
促進される、というのは、もう少し意訳すると、～ しやすくなります、といった感じでしょうか。

こんな感じでしょうか。
「これらのツールはすべてのノードが適切に設定されていることを保証するプロセスを自動化します。また、これらを使うことで、
(パッケージや設定オプションといった) 構成情報のバージョン管理されたレポジトリでの管理が行いやすくなります。」
」