Генерация кол-во уведовмления для пунктов меню перенесено из PHP на JS,

backend.js
- cms.navigation

После загрузки страницы происходит инициализация счетчика и проверка в пунктов меню атрибута data-counter и на основе него вывод кол-ва уведомлений.

Для добавления к пункту меню своих счетчиков используется метод cms.navigation.counter.add('email/settings', 100)
Использование JS коунтера для подсчета и вывода новых сообщений