意訳しているかもかも知れませんが、以下は素直に単語の意味通りに訳したほうが、日本語として意味が通りやすいかと思います。
`via`は「...をとおして」、「...によって」
`supply`は「供給する」「提供する」

なので
「ほとんどのJavaEEコンテナは"Java Naming and Directory Interface":http://www.oracle.com/technetwork/java/jndi/index.html (JNDI)を通して、@DataSource@インスタンスを提供しています。」
が良いかと思います。