clearコマンド実行時にブレイクポイントの存在確認

ファイル名と行からブレイクポイントのIDを取得する処理に、
ブレイクポイントが設定されているかの確認を追加.
ブレイクポイントの待機状態を解除する処理を修正

これにより continue コマンドが実行されないことがある
不具合が修正される.
typo
変更点をREADMEへ反映
ブレイクポイントがファイル末尾を超えた場合についてをKnown Issuesに追記