У меня была идея попробовать следовать соглашению, принятому в Flask, и давать настройкам своего приложения префикс, как это делают расширения. Раз уж мы задаём все настройки приложения в конфиге, а не в settings.py, как это сделано в Mailtank.
Почему тебя не смущает префикс в `RSSTANK_LOGLEVEL`, например? :)