テスト用のメディアデータ作成プログラムを書き直しました。
どうやらptsいれないと全部timestamp = 0として判定して動作してしまうみたいですね。
また、fps指定は入力されている画像ベースになっちゃうみたいです。
画像の入れ方が20fpsだったら、coderの設定が15fpsでも出力データは20fpsになる模様。