> 「以下の例のように、」で一呼吸置いて読めばあまり気にならないと思ってるのだけど。
なんか意識して繰り返し読んでいたら気になって、一度気になったらあれでした...

> そこの「に」を取ると、文章のリズムというか次の「場合、」が気になるので押し出しで「〜場合は、」としたくなるのだけど、そこまでコミで修正する？

はい。そのほうが違和感ないとおもいます。