Правильный вопрос. Это повод решительно пересмотреть архитектуру приложения.

Давайте сделаем инициализацию отдельно от шелла. Создадим одну мапу, навтыкаем в нее команд и прицепим к конкретному шеллу. Звучит неплохо.

В чем профит? В том, что вы сможете создать в одной JVM несколько разных шеллов с разными наборами команд.