（L.943-944）
end users == the reason why system administrators exist なので、システム管理者が存在する理由がエンドユーザーである、ということです。そのままだと分かりにくいので、ちょっと表現の仕方を工夫する必要があります。
「システム管理の見過ごされがちな大事な要素の一つに、エンドユーザのためにシステム管理者が存在するという点があります。」

(L.944-945)
BOFH は（少なくとも日本語のオペレータには）一般用語ではないので、直訳でもいいので補足があるとよいでしょう。
また、最初の文節と後の文節で両方否定形を使うのは違和感があります。こんな感じでどうでしょうか。

「BOTH （Bastard Operator From Hell; 「地獄から来た最悪の管理者」） の道に入って、問題の原因となっているユーザーを全員停止させるようなことはしないで下さい。」

(L.945-947)
achieve は日本語の、達成する、ほど大それたことではないと思います。また、see は確認するというより見つけるという意味です。
「ユーザーがやりたいことを一緒になって理解し、どうするとあなたの環境がユーザーが目的を達成するのにもっと支援できるかを見つけて下さい。」