ご指摘の通り、文書の捕らえ方が間違っていましたね。
まだ少し分からない部分があるので、2つ質問させてください。

「A rather than B」 だと 「B より A」といった意味になり、結果「JavaScript APIを使いインポートする方法」の方を勧めているようなニュアンスに感じられるのですが、最後の「as well」があるために少し意味合いが異なってくるのでしょうか？

自分なりに上の文書を置き換えてみたのですが、このような形で正しいですか？
（as wellの場所がどこにあるべきなのかわからず困っています。）

You can import it via the JavaScript API rather than manually **@import** -ing nib within your Stylus source, as well.