This means you can use the @where@ method to define common queries at the class level

の訳ですが「(論理削除フラグなど)」の説明が理解できませんでした。ここで言いたいことはwhereクエリで返ってくるのはDetachedCriteriaでステートを持っていないので、クラスレベル(static)な値としても持てるよ。という意味合いかと思います。