Création de vrai scripts PHP pour la console

- Déplacement du code d'initialisation de l'application dans lib/bootstrap.php
- Inclusion du bootstrap.php dans le index.php à la place de l'ancien code de lancement de l'application
- Remplacement des bin/*.sh par des .php qui inclus le bootstrap.php

Ainsi, les points d'entrée console sont séparés du point d'entrée Web