composer.pharも管理対象に含めました。

実行前にselfupdate前提です。
CakePHPもcomposerでインストールするようにしました。
webroot/index.phpのCakePHPの本体の場所を変更しました。
app/Console/cake.phpのCakePHP本体の位置を変更しました。
app/Config/bootstrap.phpをcomposer対応しました。
Merge pull request #3 from tyrellsys/update_composer_setting

composer関連を更新しました。