instance disk は「インスタンスのディスク」でよいと思います。「の」が若干続きますが、もし区切るとしたら「instance disk」が一つで、's 以降が別だと思います。

「インスタンスのディスクの個々のパーティションを別々のデバイスとして～」
「ディスクが vda で、ルートパーティションが vda1 の場合」くらいでしょうか。