おっしゃる事は分かります。
ただ、`hub`コマンドに関しては、完全に`git`コマンドをラップして実装されています。その上で、`alias git=hub`と設定することが推奨されており、意図しない挙動をする可能性はほとんど無いのではと思っています。
そのため、現状の処理のままで問題無いかと思っているのですが如何でしょうか。