Проблема в том, как вы можете в основной ветке оставить коммент в коде...

Я вижу 2 решения:
1) оставлять свой коммент в виде github-коммента
2) создать ветку для pull request'a, а я туда заново сделаю pull request.

Ну или ещё какой вариант код ревью