`デプロイには、複数箇所で設定を記述したいことや、アプリケーションの再ビルドなしで設定を変更したい場合があります。`

「...や、...」とするときはなるべく前後の文章の語尾が揃っていたほうが良い。
「...ことや、...こと...」or 「...場合や、...場合..」
そのほうがスムーズに読める。
なので

`デプロイでは、複数箇所で設定を記述したい場合や、アプリケーションの再ビルドなしで設定を変更したい場合があります。`

とかでどうでしょうか。