ここも悩みましたが現在brookのcore部分にはスレッドを分けて処理してからns.provideするような処理が無いためほぼ順番が保証されると思っています。

https://gist.github.com/takimo/6511323

完全なる保証は確かにできないと思いますのでちゃんとやるなら澤さんがおっしゃるようにloader関数を挟むべきかと思います。
その時はjQueryのreadyのような感じで扱えればいいのかなと思いました。

““““
var ready = require('brook').ready;
ready(function(brook){
    var newPromise = brook.promise(function(next, value){});
    ...
});
““““

もしuseしているnamespaceが利用できない状態なものが発生した場合今のJasmineのテストで検出可能だと考えてはいるので完全なる保証はせず、現在の形で利用できないかと思っています。