「しかし」も、文の全体で逆のことに結論付けるわけではない流れでしたら、削除した方が自然です。

また、指示語の指すものが少し離れている場合は、明示的にした方がスムーズです。

「バンドルのコンフィギュレーションリソースファイルは、アプリケーションコンフィギュレーションから ``imports`` ディレクティブを使って直接インポートするのではく、バンドル内にある\ *サービスコンテナエクステンション*\ を起動して処理させます。」