このへんとかって違いがぱっと見で分かりませんが、
前にもあった **改行コードが違うせいで全行差分** になってるんですかね？

プロジェクトレベルで統一して一度全ファイル統一しちゃった方が良いような気がします。
レビューする際に見なくていいものが出てきちゃうし、マージに失敗する確率も上がるだろうし。