混ざっているのが気持ち悪かったので、統一しようかと。
chrome.notifications は何もしなくても勝手に消えてくれるのですが、 webkitNotifications は消えてくれないですね。
逆に chrome.notifications は勝手に消えないようにできないっぽいのでこちらを使いました。
ここで setTimeout に依存してしまった弊害が、手動登録でのタイムアウトしなくなる問題です…