DotPlots

DotPloty pre zistovanie podobnych sekvencii v genome.
Prva cast obsahuje vykreslenie dotplotu pomocou ascii (neprakticke ale
zaujimave)
Druha cast pouziva kniznicu Image na vykreslenie obrazku.
Definujem si 4 funkcie
smscale - skaluje data v parametri input na interval ohraniceny dvojicou
mn a mx. Parameter inverse sposobi ze data v input sa prevratia => keby
mam vektor, ktory ma data rozlozene exponencialne a pouzijem smscale tak
viacero prvkov by bolo blizko cisla mn (viac dat pri zaciatku
intervalu). Pri obrateni bude viacero prvkov na konci, co znamena ze
bude viacero prvkov pri cisle mx.
- windowFilled vrati pocet rovnakych sekvencii porovnanim dvoch vektorov
win1 a win2 => pocet zhod v matici
- windowFilledDiagonal vrati pocet rovnakych sekvencii na diagonale.
- dotPlot - vytvorit dotplot z vektoru inputVector. minGray sluzi ako
minimalna hodnota ciernobielej hodnoty a maxGray ako maximalna.
- Background sluzi ako farba pozadia (vacsinou 0 <=> cierna). n je
velkost okna ktore kontrolujeme vyssie spominanymi funkciami.
- threshold minimalny pocet zhodnosti aby sme vykreslili do dotplotu
nejaky farebny pixel. diagonal sluzi nato ci porovnavame velkost okna
pomocou metody windowFilled alebo windowFilledDiagonal. Distribution -
nam urci podla akych hodnot budu rozdelene farby vo farebnej palete z
ktorej vyberame farby na vykreslenie zhod v genomoch.
- scaling - rozhodne ci pouzivame pri normalizaciach hodnot v
distribucii metodu smscale -> skalovanie na interval minGray, maxGray =>
minimalna hodnota v distribucii bude naskalovana na minimum, maximalna
na maximum.
- choice urci ako vyberame farby pri najdeni poctu zhod viac ako
threshold. choice = 1 znamena ze farby pojdu od zaciatku az po koniec.
choice = 0 znamena ze farby pojdu od zaciatku ale iba po nejake
ohranicenie (nevyuzijeme celu paletu)