「テスト対象のアプリケーションクラスのロギングを有効にしたとしても、テストにおけるロギングとは異なるということです。」

文章として「...を有効にしても、..」とくると、後ろの文は「、...は無効です」とは「...有効になりません」がきそうですが、そうではないので、すこし読んでいてもやっとしました。

「アプリケーション内で有効なロギングは、テスト内で有効なログインとは異なります」

など、前後が同じ言葉で書かれているとスッキリ読める気がしました。