Tant mieux, plus on est de fous, ... !
Normalement, ta version de travail donc tes fichiers sur ton ordi ont du garder ta version, c'est bizarre.
Juste une question : tu passes par le logiciel de Github pour faire tes commits? Tu as déjà utilisé le terminal pour git (c'est pas mal galère au début mais après c'est plus simple) ?
Je vois que ton fork n'a pas été mis à jour avec la version officiel. Il vaut mieux le faire avant d'envoyer une pull request parce que ça permet d'éviter les problèmes de merge (fusion) si jamais le doc officiel a évolué et que tu as bossé sur des fichiers modifiés par quelqu'un d'autre.