「または」は「や」でよいと思います。
ここの to examine は、後ろの節との関係を考えると、「検査する際に、～したければ、～を使用して下さい」といった感じでしょうか。

「セカンダリディスクや一時ディスクを検査する際に、プライマリディスクとセカンダリディスクを同時にマウントしたければ、
別のマウントポイントを使用して下さい。」