avc(h264)用の変換テストをかいてみた。単純に変換すると、内部データがnal構造で応答されるみたいですね。
spsとppsからmediaSequenceHeaderを作り直さないとh.264でflv再生可能な状態にはできなさそう。
同じことがaacにもいえるかもしれませんね。