However 以降ですが、because より前を先に訳して、後に理由を書いた方が分かりやすいと思います。
また、if it is not already の it は instance だと思います。
最後に省略されているのは unbootable だと思いますが、いかがでしょうか。

「しかしながら、どのファイルの編集も操作もしないことをお薦めします。なぜなら、それにより ACL が変更されたり、
起動できるインスタンスが起動できなくなってしまう場合があるからです。」