none of them の　them は、the instances なので、
「そのコンピュートノードでホストされているインスタンスはどれも動作していないので」ということだと思います。

第2文は、might have to start なので、「～によっては、各インスタンスを開始し、正常に起動していることを確認する必要がある場合もあるでしょう」といった感じでしょうか。