Расстояние Хэмминга считается неправильно. Вы забыли добавить инверсию в условие. Эволюция заканчивалась тогда, когда в результате скрещивания и мутаций рождалась клетка с ДНК полностью отличающейся от целевой, например
GGTGAGACCAACCGGGAGCT (целевая)
TACCCCCTGGGTGCCTCCTC (найденная в процессе эволюции)

Именно из-за этого у вас поиск конечной ДНК происходил за меньшее количество эволюций, чем у меня (при равных условиях). Я долго выискивал причину, и очень рад, что она оказалась такой пустяковой :)