h264のデータのみであるflvデータからh264のデータを抜き出してmpegtsに変換するプログラムを書いてみた。
とりあえず、ちゃんと動画がみれるmpegtsになった。

あとは
flv→mpegts
mp4→mpegtsあたりプログラムを構築してから、
mp4→mpegts(ネット上のmp4ベース)
mp4→httpLiveStreaming
を書いてversion6をつくればよさそう。