不全对，配置文件只会放到一个文件夹里面，你可以看一下auto/options的319行和auto/install的33到43行，因此不可能出现你说的什么各种问题。
我再说的明白一点，如果你的NGX_CONF_PATH是/www/red54/com/yeking.conf的话，那么NGX_CONF_PREFIX就是/www/red54/com/，两者不可能不一致。