Там нужно выводить так, вроде:
FILENAME1:
word1 n1
word2 n2
FILENAME2:
....

Без этой проверки он у меня выводил (если первый файл пустой): 
FILENAME1:
FILENAME2:
...

просто никакой информации по пустому файлу не давать? или кидать IllegalArgumentException?